水資源保護的核心是根據水資源時空分布、演化規律,調整和控制人類的各種取用水行為,使水資源系統維持一種良性循環的狀態，以達到水資源的永續利用。水資源保護不是以恢復或保持地表水、地下水天然狀態為目的的活動,而是一種促進水資源開發利用更合理、更科學的問題。水資源保護與水資源開發利用是對立統一的，兩者既相互制約，又相互促進。保護工作做得好，水資源才能永續開發利用;開發利用科學合理了，也就達到了保護的目的。
水資源保護工作應貫穿在人與水的各個環節中。從更廣泛地意義上講,正確客觀地調查、評價水資源,合理地規劃和管理水資源,都是水資源保護的重要手段,因為這些工作是水資源保護的基礎。從管理的角度來看,水資源保護主要是"開源節流"、防治和控制水源污染。它一方面涉及水資源、經濟、環境三者平衡與協調發展的問題,另一方面還涉及各地區、各部門、集體和個人用水利益的分配與調整。這里面既有工程技術問題,也有經濟學和社會學問題。同時,還要廣大群眾響應,共同參與,就這一點來說,水資源保護也是一項社會性的公益事業。
通過各種措施和途徑，使水資源在使用上不致浪費，使水質不致污染，以促進合理利用水資源。主要保護措施有:農業措施、林業措施、水土保持和工程措施。
